从20世纪70年代起，头针的机制研究不断深入，关于头针机制可归纳为两种学说：
      一、是大脑皮层的功能定位在头皮部的投影区，可直接调节大脑皮层的功能

      二、是机体功能综合调节作用说，即刺激头穴，可以通过调节气血、疏通经络等而达到防治疾病的目的。采用透穴起到一经带多经、一穴带多穴的整合作用，可综合调节大脑的功能。

      实验证明头穴对脑血管患者的脑血流图有明显的改善作用，使脑血管病患者的脑血管扩张，周围阻力减小，脑血流量增加。刺激头穴可以改善脑电图a波和使电压上升，并改善其不对称性，提示对皮层功能具有调节作用。      

    针刺头穴不仅能够控制癫痫的发作，并且能够改变颅内脑神经细胞群的异常放电，使不正常脑电图趋于改善。

    针刺头部腧穴对血液流变学也有一定的影响，针刺后有明显改善细胞聚集和血液粘度的作用，促进血浆纤溶系统活性，使纤维蛋白原含量减少，对脑出血部位的血块溶解和吸收有益。

    有人用放免分析技术实验观察针刺百会穴对92例育龄妇女卵泡早期血浆中血栓素和前列环素含量的影响，结果提示针刺百会穴不仅能有效地调节血栓索和前列环素的代谢，并对宫内节育器导致的子宫出血有防治作用。
      此外，针刺百会穴能加强对血浆中环核苷酸（cAMP和cGMP）的调节，有益于记忆力的提高，增强短时记忆，防止考场综合征。头针对正常人肌电有影响，使正常人肌电幅度明显升高，并且这种升高从捻针15分钟开始一直延续到针后35分钟。